Nei secoli antecedenti il XIX secolo, la chiesa di San Bartolomeo si trovava presso il Naviglio, alla confluenza delle attuali Via Manzoni, Via Fatebenefratelli, Piazza Cavour, accanto agli archi di Porta Nuova, ancora visibili.
Di tale periodo, restano scarsissime testimonianze di quanto Carlo prima e Federico Borromeo poi diedero illuminata e concreta attenzione per l’ampliamento e la crescita di quel tempio.
Fino al 1805, questa chiesa fu sempre ben frequentata; diverse famiglie nobili vollero, per la loro ultima pietosa dimora, monumenti funebri e lapidi in questa sede.
Tra i vari casati significativi di quell’epoca, si ricordano i Bascapè, Bodio, Brivio, d’Adda, Fagnani, Lattuada, Meda, Melzi, Porta, Recalcati, Simonetta, Zanardi. In particolare, si ricorda la posa di un monumento di un nobile tirolese, il Conte Carlo di Firmian, Ministro Plenipotenziario di Milano di Maria Teresa d’Austria presso il Governo della Lombardia.
Nel 1683, la contessa Teresa Godrone Serbelloni, pochi mesi dopo la vittoria contro i Turchi, donò a questa chiesa l’icona della Madonna del Buon Aiuto, che fu collocata all’altare laterale di S. Isidoro; questo quadro era una copia dell’originale attribuito a Lucas Muller de Kranack, pittore aulico di Federico III di Sassonia, posto sull’altare principale della Cattedrale di Innsbruck.
Nacque un Pio Consorzio della Beata Vergine dell’Aiuto, in seguito denominato Associazione della Beata Vergine dell’Aiuto, nel cui statuto erano precisati i doveri diretti a tenere viva la devozione ed il ricordo vicendevole dei partecipanti.
Durante le Cinque Giornate di Milano, un reparto di soldati, agli ordini di un certo tenente Wolf, aveva sfondato la porta della canonica, alla ricerca di un tizio accusato di essere antiaustriaco.
Non avendolo trovato, un soldato volle salire al primo piano di una casa, dove abitava un sacerdote di nome don Marino, noto in città perché un ottimo quaresimalista e perché di carattere mite.
Forse perché non aveva dato le informazioni richieste, forse perché il soldato si era imbestialito al rifiuto, fatto sta che don Marino fu trovato sul pavimento esanime.
Fu in concomitanza con l’unità d’Italia che si decise, per motivazioni di carattere urbanistico, di abbattere la vecchia chiesa e ricostruirla nel sito attuale di Via della Moscova, su disegno dell’architetto Maurizio Garavaglia.
Questa basilica viene molto apprezzata per la particolare acustica, che rende molto gradevole l’ascolto dei vari concerti.