Spoglia e poco appariscente all’esterno, la chiesa svela all’interno un severo regolare impianto architettonico paleocristiano.
È tra le chiese più antiche di Milano, costruita tra il IX e l’XI secolo, sui resti di un oratorio cimiteriale di origini romane.
La pianta è a schema basilicale, a tre navate con copertura a capriate, riflettentisi sulla partizione esterna della fronte a pioventi.
Questa è caratterizzata da tre portali sovrastati da lunette cieche, da due grandi finestre nella parte superiore e da un tipo di coronamento del timpano, riprodotto nell’ottocento dal motivo autentico che si trova sul retro.
L’abside maggiore ed il timpano sovrastante sono originali e costituiscono l’elemento stilisticamente più significativo dell’esterno, ornati da motivi romanici a fornici ed archetti in cotto; le absidiole minori sono ricostruzioni ottocentesche.
All’interno, le navate sono spartite da colonnati, che sostengono, su una serie di notevoli capitelli di recupero romani ed altomedievali, nove archi a tutto sesto.
Nella parete piena, sopra di essi, si aprono altrettante finestre, nelle quali sono inserite due serie di vetrate moderne, che sviluppano i soggetti delle gerarchie angeliche sulla destra e della creazione del mondo sulla sinistra.
Le finestre del coro portano tre vetrate ispirate alle parole di apertura del Vangelo di Giovanni. Sull’altare maggiore, è collocato l’affresco della Crocifissione detto della Madonna del Pianto, del XV secolo.
Nella navatella di destra, un altro frammento di affresco, la Madonna dell’Aiuto.
Al di sotto del presbiterio sopraelevato, si trova la vasta cripta, coperta da voltine a crociera, sorrette da colonnine con bei capitelli: uno dei migliori esempi lombardi di cripta ad oratorio di epoca romanica.
L’altare contiene l’urna di pietra con le reliquie dei martiri portate a S. Vincenzo tra il IX e il XI secolo; dietro di esso, un antico pozzo, dalle acque ritenute miracolose.
La chiesa conobbe nel Medioevo secoli di splendore, per poi decadere con la crisi del monastero, soppresso nel 1520. alla fine del settecento, il complesso fu sconsacrato, per essere adibito a magazzino militare, stalla e caserma durante l’occupazione dei francesi, venne poi venduto, nel 1810, ad un produttore di sostanze chimiche, che vi impiantò un laboratorio, danneggiando gravemente la struttura e gli affreschi del quattrocento.
Tra il 1880 e il 1890, la chiesa fu recuperata con un restauro stilistico, che ricostruì alcune parti, edificò il nuovo campanile, decorò interamente l’interno della basilica con ornamentazione geometrizzante a guazzo.