L’attuale chiesa, consacrata nel 1896, venne edificata in seguito al vertiginoso aumento della popolazione verificatosi a partire dall’Unità d’Italia, in sostituzione della precedente, troppo piccola e ormai distrutta chiesa di Calvairate, la quale sorgeva in una zona rurale e più distante dal centro.
Venne fondata in piena Controriforma da San Carlo Borromeo, che aveva dato esecuzione al principio conciliare della fondazione di nuove parrocchie come punto centrale di vita cristiana.
Nacque fuori dalle mura di Milano, nel tardo Cinquecento. Passarono trecento anni e la chiesa risultò inadeguata alle dimensioni della struttura di Piazzale Martini.
Fu il Cardinal Ferrari a inaugurarla ufficialmente nel 1896.
Disorganica architettura neomedievale, ma di pregevole arte moderna al suo interno, la chiesa contiene, nella Via Crucis, il volto sereno della Madonna, i volti caricaturali dei giudei, che, con espressività e realismo, non lasciano spazio alle abitudini accademiche dell’epoca.
Allo stesso autore delle vetrate del Duomo, Aldo Carpi de’ Resmini, spettano gli affreschi delle pareti laterali del presbiterio: la Resurrezione e la Crocifissione, che riflettono l’esperienza del maestro nei lager nazisti.
Lo spirito polemico con l’accademismo fascista emerge anche nel Sant’Antonio di travertino di Leone Lodi, autore anche della Madonna della Misericordia, in alabastro di Volterra (piacque persino al Cardinal Schuster), dell’altorilievo marmoreo del Sacro Cuore nel braccio sinistro del transetto, dell’elegante candelabro marmoreo e della mensa dell’altare maggiore.